وكانت ميليشيات الانقلاب اعتقلت الطالب "محمد مرسي" قبيل بداية النصف الثاني للعام الدراسي بستة أيام، حيث تتم محاكمته في خمس قضايا تنظر جميعها أمام محكمة الجنايات، والتي كانت النيابة العامة قد وجهت له الاتهام فيها.
يذكر أن الطالب كان أحد المعتقلين في مجموعة ١٤ بمعسكر الأمن المركزي بالزقازيق والتي عرفت بـ"سلخانة معسكر الأمن المركزي", كما قامت قوات الأمن بترحيله إلى سجن العازولي العسكري لمدة أسبوع، وأخيرًا إلى سجن طرة حيث يتم احتجازه الآن.