حذر علي لبن- عضو الكتلة البرلمانية للإخوان المسلمين- من محاولات تهميش دور مجمع البحوث الإسلامية لصالح وزارة الأوقاف، منتقدًا في طلب إحاطةٍ عاجل وجهه لرئيس مجلس الوزراء باعتباره وزير شئون الأزهر، ود. حمدي زقزوق- وزير الأوقاف؛ المخالفات القانونية الموجهة ضد الأزهر والتي تضمنها البيان الختامي للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية التابع لوزارة الأوقاف.

وقال لبن إن المخالفات نشرتها صحيفة (الأهرام) في عددها الصادر يوم 30/3/2007 ضمن البيان الختامي للمجلس الأعلى للشئون الإسلامية والذي جاءت تحت عنوان "قرار بإعادة النظر في الأحكام الفقهية الاجتهادية لمواجهة التغيرات العالمية"، مؤكدًا أن هذا القرار يتعارض مع القانون 103 لسنة 1961 الخاص بتنظيم الأزهر، والذي تنص فيه المادة 15 على "أن مجمع البحوث الإسلامية هو الهيئة العليا للبحوث الإسلامية، وبيان الرأي فيما يجدُّ من مشكلات مذهبية أو اجتماعية تتعلق بالعقيدة".

وتساءل لبن: فلماذا هذا التوسع في اختصاصات المجلس الأعلى للشئون الإسلامية التابع لوزارة الأوقاف بما يتعارض مع القانون، وبما يؤدي إلى المزيد من التجميد لاختصاصات مجمع البحوث الإسلامية التابع للأزهر الشريف، متسائلاً مجددًا، لمصلحة من هذا التهميش لدور الأزهر؟ وما الذي يُراد له؟!