تسبَّب عدم دراية جامعة جنوب الوادي بتطبيق نظام الجودة الخاص بربط الزيادة المالية بعدد ساعات العمل الفعلية لأعضاء هيئة التدريس؛ في حرمان مجموعة كبيرة من أعضاء هيئة التدريس المستحقِّين من الزيادة المالية، في الوقت الذي تم فيه إدراج أسماء المُعارين والحاصلين على إجازات خاصة في كشوف المستحقِّين للصرف.

جاءت الفوضى بسبب سوء فَهْم قرارات وزارة التعليم العالي التي حدَّدت قواعد الصرف، وأشارت في البداية إلى أن تطبيق مشروع الزيادة يتضمَّن أشهر: يوليو، وأغسطس، وأكتوبر في 2008م؛ الأمر الذي ترتب عليه عدم إدراج أعضاء تم تعيينهم على درجة مدرسين نهاية سبتمبر 2008م في قائمة صرف الدفعة الأولى من الزيادة، إلا أن وزارة التعليم العالي أصدرت تعديل قواعد الصرف مع إرسال المبالغ المستحقة إلى الجامعات.

وأكدت أن الصرف مُخصَّصٌ للفترة من 20/9/2008م وحتى 4/12/2008م، وأن أشهر الصرف غير مدرجة في الصرف؛ الأمر الذي جعل كافة الجامعات المصرية تعدِّل في أسماء المستحقِّين للصرف وفقًا للموجودين بالفعل والملتزمين خلال هذه الأشهر، باستثناء جامعة جنوب الوادي، التي رفضت تعديل الخطأ بدون إبداء أي مبررات؛ مما نتج منه إدراج المُعارين وأصحاب الإجازات في كشوف الصرف واستثناء المستحقين الذين تم تعيينهم في وظيفة مدرسين من بداية العام الدراسي؛ وذلك بدون أي أسباب وسند قانوني يحرم المستحقين من حقوقهم، مطالبين بسرعة صرف حقوقهم بدلاً من اللجوء إلى القضاء.