حذر قانونيون وحقوقيون من الثغرات التي يحملها القانون رقم 12 لسنة 2009م، وهو التعديل الذي تم إدخاله على القانون رقم 101 لسنة 1992م الخاص بتنظيم شئون الجامعات الخاصة ليشمل أيضًا الجامعات الأهلية.

وأكد المعهد الديموقراطي المصري- في بيان وصل (إخوان أون لاين) نسخة منه- أن القانون به سلبيات كبيرة وعلى رأسها المواد 9،10،11،12،18،20، وخاصةً المادة 12 والتي يحق للجامعات الحكومية العمل مع الجامعات الأهلية، فضلاً عن إنشائها أو المساهمة فيها.

وطرح البيان المشكلة الخاصة بجامعة النيل وشكل التجاوزات أو الاتهامات الموجهة لرئيس الوزراء، مشيرًا إلى أن الجامعة تأسست منذ 5 سنوات كجامعة خاصة وبتعديل القانون الجامعات الخاصة والذي تم في هذا العام أصبح ينظم الجامعات الخاصة والأهلية؛ فالأخيرة لا يوجد لها أساس قانوني قبل تعديل هذا القانون رقم 12 لسنة 2009م.

وأضاف البيان أن كل الإجراءات والممارسات التي قيلت عن جامعة النيل هي في الإطار القانوني ولكنها تخالف كل الأعراف الجامعية، مؤكدًا أن هناك سلسلة إهدار مال عام بطرق جديدة وهي طرق استغلال الشكل القانوني دون مخالفة لشروط الإنشاء أو مساهمة الدولة أو مساهمة أي من الجامعات الحكومية!!.