أصدر المجلس العسكري قرارًا رقم 104 لسنة 2011م بإنشاء معهد البحوث والدراسات الإستراتيجية لدول حوض النيل بجامعة الفيوم؛ لدعم سبل التعاون مع دول حوض النيل ومنح درجات علمية ماجستير ودكتوراه.

ويهدف المعهد إلى اشتراك عدة تخصصات في دراسة قضايا ومشكلات وموارد وسكان وتاريخ دول حوض النيل؛ ليكون وحدة بحثية متقدمة تعتمد على التكامل بين عدة تخصصات، ولإعداد الباحث الواعي بعدد من قضايا حوض النيل، ولتحقيق هدف التعدد المعرفي لإقليم من أهم الأقاليم الجغرافية والسياسية في إفريقيا.

ويمنح المعهد الشهادات الآتية: دبلوم المياه والتربة- دبلوم الجيومورفولوجيا والمناخ- دبلوم السكان والموارد الاقتصادية- دبلوم القانون والسياسة- دبلوم نظم المعلومات الجغرافية- دبلوم دراسات النقل- دبلوم إدارة المستشفيات، ويقبل المعهد الطلاب من دول حوض النيل والطلاب المصريين.

وكانت جامعة الفيوم قد تقدمت بطلب لإنشاء هذا المعهد بهدف تعزيز التعاون مع دول حوض النيل.