أكد الجهاز المركزي للمحاسبات وجود ثغرات وقصور في نظام المراجعة والرقابة الداخلية بهيئة السلع التموينية؛ حيث أوضح مندوب الجهاز- خلال مناقشة لجنة الخطة والموازنة بمجلس الشعب للحساب الختامي في الهيئة للعام المالي 2008/ 2009م- أن الإيرادات الجارية للهيئة لا تتسم بالواقعية.

وأكد أنه تلاحظ زيادة الفوائد المسدَّدة لبنك الاستثمار القومي وزيادة الإعلانات التي حصلت عليها الهيئة 82% عن الرابط الأصلي المعتمَّد في الموازنة.

كما سجلت الهيئة عجزًا في موازنتها قدرة 26.8 مليار جنيه؛ الأمر الذي اقتضى منحها إعانة بلغت حوالي 20.6 مليار جنيه، بالإضافة إلى تمويل الجزء الباقي من هذا العجز من خلال القروض والتسهيلات وزيادة الدائنين والأرصدة الدائنة بقيمة 6.1 مليارات جنيه، وارتفعت الخسائر من 9.1 مليارات جنيه عام 2004/ 2005م إلى نحو 20.5 مليار جنيه عام 2008/ 2009م، وتمَّ تغطية الخسارة من خلال زيادة الإعانة التي تحصل عليها هيئة السلع التموينية من الموازنة العامة للدولة والتي زادت بنسبة 126.1% بين عامي 2004/ 2005م و2008/ 2009م.