في توقعات بحدوث أزمة بينهما، رفضت جامعة الأزهر طلبات لجنة التعليم والبحث العلمي بمجلس الشعب؛ قبول الطالبات الحاصلات على شهادة الثانوية العامة من المملكة العربية السعودية بالجامعة؛ لاختلاف المناهج الدراسية.
قالت الجامعة: إنه لم يحدث أن التحق طالب أو طالبة من الحاصلين على الثانوية العامة من السعودية بجامعة الأزهر من قبل، وأنه قد حدث تواطؤ وتلاعب من العاملين بالإدارة الجامعية تمَّ على أساسه قبول المصروفات من بعض الطالبات بشكل غير قانوني، وقامت الجامعة بإحالة الموظفين المخالفين للنيابة العامة.
وأكدت الجامعة أن عدد الملفات التي تمَّ سحبها من الطالبات بلغ 32 ملفًّا فقط، بخلاف ما تردد في وسائل الإعلام أنها 160 ملفًّا، مشددة على أن مكتب التنسيق أنهى مراحله في 30 سبتمبر الماضي، موضحة أنه تمَّ الاتفاق مع وزير التعليم العالي على أن تعود الطالبات إلى الكليات التي تمَّ إلحاقهن بها من قبل، وغالبيتهن مقيدات بكليات التجارة.