اشتعلت الأزمة بين جامعة عين شمس وجامعة مصر للعلوم الخاصة، بسبب رفض الجامعة الخاصة دفع قيمة بدل تدريب طلابها بمستشفيات عين شمس، رغم استغلالها لإمكانيات الجامعة الحكومية، وتأثير ذلك على طلاب كلية طب الجامعة الحكومية.

وكانت جامعة عين شمس قد طالبت بزيادة الرسوم الرمزية التي تدفعها الجامعة الخاصة من أجل تدريب الطلاب لقدم الاتفاق الذي تم بين الجامعتين، إلا أن أصحاب الجامعة الخاصة رفضوا حتى الالتزام بالاتقافيات المُوقَّعة من قبل؛ ما دفع إدارة جامعة عين شمس للمطالبة بتوقيع اتفاقية جديدة تحت إشراف المجلس الأعلى للجامعات.

وكانت إدارة جامعة عين شمس نفت في بيانٍ رسمي لها اليوم ما ورد ذكره في عدد من الصحف مؤخرًا حول وجود أوجه تعاون بين جامعة عين شمس وجامعة مصر للعلوم والتكنولوجيا، مشيرةً إلى أن ما دار في اجتماعات بين عميد كلية الطب جامعة عين شمس وجامعة مصر للعلوم والتكنولوجيا؛ ما هو إلا لقاء ودي، ولم يكن بتكليف رسمي من جامعة عين شمس.

وأضاف بيان الجامعة أنها تنتظر حسم المشاكل المعلقة مع الجامعة الخاصة؛ حتى يتسنى تفعيل الاتفاقيات المبرمة بين الجانبين.

يُذكر أن جامعة عين شمس أرسلت خطابًا لجامعة مصر للعلوم والتكنولوجيا في 13/4/2010م بضرورة توقيعها لاتفاقية مع المجلس الأعلى للجامعات حتى يتسنى لجامعة عين شمس استمرار التعاون معها.